基因單核苷酸多態(tài)性（SNP）突變檢測(cè)服務(wù)
一、 定義:
1)一種遺傳標(biāo)記，包括單個(gè)堿基的缺失和插入，更多情況是單個(gè)堿基的置換。
2)通常情況下是一種二等位基因的變異，多為轉(zhuǎn)換，即一種嘧啶堿基換為另一種嘧啶堿基，或一種 嘌呤堿基換為另一種嘌呤堿基，轉(zhuǎn)換與顛換之比為2：1。
3)SNP在CG序列上出現(xiàn)最為頻繁，而且多是C→T，因?yàn)?/SPAN>CG中C即胞嘧啶常為甲基化的，自發(fā)脫氨 后即變?yōu)樾叵汆奏ぁ?/SPAN>
4)人類基因組SNP位點(diǎn)的數(shù)量：目前的估計(jì)不完全相同，有人估計(jì)每400bp就有一個(gè)堿基不同；另一些人則估計(jì)變異頻率在0.5‰--10‰。如果假定1/1000的堿基是多態(tài)，那么人類30億堿基中就 有300萬(wàn)SNP位點(diǎn)。
5)SNP的分布不均勻，非轉(zhuǎn)錄序列中要多于轉(zhuǎn)錄序列，絕大多數(shù)位于蛋白的非編碼區(qū)。
6)重要性：雖然SNP 不及RFLP（Restriction Fragment Length Polymorphism）和短串聯(lián)重復(fù)序列 STR標(biāo)記變異程度高，但由于數(shù)量巨大，分布頻密，因此就整體而言，其多態(tài)性要高得多。
7)檢測(cè)方便：大多為二態(tài)，便于自動(dòng)化批量檢測(cè)。
二、 方法 DNA序列分析（DNA sequencing） 應(yīng)用各種突變檢測(cè)技術(shù)檢測(cè)到的基因突變，最后都需用序列分析才能確定突變類型及突變位置，其效率可以達(dá)到100％
主要有兩種方法：
1,測(cè)序法：現(xiàn)在的測(cè)序方法已與經(jīng)典的方法有了很大的不同，其基本原理雖仍是雙脫氧終止法，但自動(dòng)化程度大為提高，操作更簡(jiǎn)便，測(cè)序時(shí)間也大大縮短。隨著PCR技術(shù)與測(cè)序聯(lián)合使用，不需經(jīng)過(guò)M13亞克隆步驟，故稱為直接測(cè)序法（direct sequencing,DS）。
2,探針?lè)ǎ簩?shí)驗(yàn)原理：探針只與模板特異性地結(jié)合，其結(jié)合位點(diǎn)在兩條引物之間。探針的5′端標(biāo)記有報(bào)告基團(tuán)(Reporter, R)，如FAM、VIC等，3′端標(biāo)記有熒光淬滅基團(tuán)(Quencher, Q)，如TAMRA等。當(dāng)探針完整的時(shí)候，報(bào)告基團(tuán)所發(fā)射的熒光能量被淬滅基團(tuán)吸收，儀器檢測(cè)不到信號(hào)。隨著PCR的進(jìn)行，Taq酶在鏈延伸過(guò)程中遇到與模板結(jié)合的探針，其5′→3′外切核酸酶活性就會(huì)將探針切斷，報(bào)告基團(tuán)遠(yuǎn)離淬滅基團(tuán)，其能量不能被吸收，即產(chǎn)生熒光信號(hào)。在探針的5’端使用不同的Report熒光基團(tuán)，單一PCR中可以檢測(cè)到多個(gè)探針的雜交與相應(yīng)熒光。只有與模板完全匹配的TaqMan探針在與等位基因發(fā)生特異性雜交后，利用Taq酶的5’外切酶活性作用使得探針的5’Report熒光能夠被檢測(cè)。
實(shí)驗(yàn)步驟如下：
(1)客戶收集標(biāo)本(血液或組織等標(biāo)本);
(2)確定基因突變SNP位點(diǎn), 設(shè)計(jì)合成特異PCR擴(kuò)增普通引物及探針,并在NCBI網(wǎng)站做BLAST;
(3)進(jìn)行PCR擴(kuò)增,通過(guò)SNP分型獲得實(shí)驗(yàn)報(bào)告;
(4)分析報(bào)告,給出實(shí)驗(yàn)結(jié)果;
本公司提供探針?lè)?/SPAN>SNP技術(shù)服務(wù)
突變數(shù)據(jù)庫(kù)
Human Gene Mutation Database (HGMD)
http://www.uwcm.ac.uk/uwcm/mg/hgmd0.html
The Genome Database (GD)
http://www.gdb.org
SNP數(shù)據(jù)庫(kù)
Database of Single Nuleotide Polymorphisms (dbSNP)
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/
Human Genome Variation Database (HGVbase)
http://hgvbase.cgb.ki.se/
The Snp Consortium， LTD.（TSC）
http://snp.cshl.org/
www.hapmap.org
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英文(English)
